Naszą Instytucją kieruje Dyrektor, którego powołuje Zarząd Województwa Mazowieckiego w trybie określonym w ustawie o organizowaniu i prowadzeniu działalności kulturalnej, na wniosek Arcybiskupa Metropolity Warszawskiego. Odwołanie Dyrektora następuje w tym samym trybie.
Dyrektor Instytutu Papieża Jana Pawła II samodzielnie podejmuje decyzje dotyczące właściwego funkcjonowania Instytutu i ponosi za nie odpowiedzialność.
Dyrektor kieruje i zarządza Instytutem Papieża Jana Pawła II oraz reprezentuje Instytut na zewnątrz. Decyzje wewnętrzne podejmuje w formie zarządzeń i poleceń służbowych.
Dyrektor Instytutu działa jednoosobowo na podstawie pełnomocnictwa udzielonego przez Marszałka województwa mazowieckiego w ramach czynności zwykłego zarządu. Do czynności przekraczających zakres zwykłego zarządu potrzebna jest odrębna zgoda. W ramach pełnomocnictwa Dyrektor może udzielić dalszych pełnomocnictw.
Dyrektor Instytutu Papieża Jana Pawła II jest przełożonym służbowym wszystkich zatrudnionych w Instytucie pracowników i wykonuje uprawnienia pracodawcy w rozumieniu przepisów prawa pracy.
Pracownicy Instytutu Papieża Jana Pawła II winni spełniać wymogi kwalifikacyjne przewidziane odrębnymi przepisami prawa.
Działalność Instytutu Papieża Jana Pawła II regulują zarządzenia wewnętrzne Dyrektora Instytutu, regulaminy i instrukcje.