W Instytucie Papieża Jana Pawła II prowadzone są następujące rejestry:
- rejestr korespondencji przychodzącej i wychodzącej - prowadzi Sekretariat Dyrektora
- rejestr faktur - prowadzi Dział Księgowości
- rejestr zarządzeń Dyrektora Instytutu - prowadzi Sekretariat Dyrektora
- rejestr skarg i wniosków - prowadzi Sekretariat Dyrektora
- rejestr zatrudnionych pracowników - prowadzi Dział Kadr
- rejestr spraw sądowych - prowadzi Dział ...
- rejestr opinii prawnych - prowadzi Dział ...
- rejestr umów zawartych w wyniku postępowania w trybie zamówień publicznych - prowadzi Dział Księgowości
- rejestr umów i zleceń zawartych bez stosowania ustawy Prawo Zamówień Publicznych - prowadzi Dział Księgowości
- archiwum akt - prowadzi ...
Rejestry oraz dokumenty dotyczące działalności Instytutu są archiwizowane zgodnie z kategorią archiwalną.
Wszelkie udostępnianie dokumentacji wymaga wniosku w formie pisemnej.