Organizacja wewnętrzna Instytutu Papieża Jana Pawła II wynika z podziału zadań, zakresu działania komórek organizacyjnych oraz indywidualnych zakresów czynności pracowników.
W Instytucie działają następujące komórki organizacyjne oznaczone symbolami:
- Dyrektor - DR1:
- Rada Programowa - RDP
- Radca Prawny - RPR
- I Zastępca Dyrektora - DR2
- Dział Księgowości - KSI
- Dział Kadr (Specjalista ds. Kadr) - KAD
- Biblioteka - BIB
- Dział Dokumentacji Archiwalnej i Filmowej - DAF
- Dział Gospodarczo-Techniczno-Budowlany - GTB
- Dział Muzealny i Wystaw - MIW
- Dział Naukowo-Badawczy
- Dział Oświatowy - OSW
- Dział Promocji - PRM
- Dział Współpracy z zagranicą - ZAG
- Dział Wydawniczy - WYD
- Sekretariat - SKR